Do địa hình dốc nên ở đây có nhiều khe suối, với lưu lượng nước hàng năm khá lớn. Toàn bộ Khu Bảo tồn nằm trên địa bàn 9 xã thuộc 5 huyện: xã Châu Cường - huyện Quỳ Hợp; xã Châu Hoàn, Diễn Lãm - huyện Quỳ Châu; xã Cắm Muộn, Quang Phong - huyện Quế Phong; Xã Bình Chuẩn - huyện Con Cuông và Xã Nga My - huyện Tương Dương.
Được tài trợ bởi Quỹ Hành động- Học hỏi LSNG Việt Nam - Pha II thông qua Dự án "Nâng cao năng lực Bảo tồn và phát triển bền vững các loài cây thuốc trong cộng đồng đồng bào dân tộc vùng đệm Khu bảo tồn thiên nhiên Pù Huống (BTTNPH) tỉnh Nghệ An", các nhà khoa học thuộc Viện Dược liệu, Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật phối hợp với các cán bộ của Khu BTTN Pù Huống tiến hành điều tra khảo sát nguồn cây thuốc cũng như kinh nghiệm sử dụng cây thuốc của cộng đồng người Thái sinh sống tại các vùng đệm của Khu BTTN này.
Kết quả đã ghi nhận được ở Khu BTTN Pù Huống 374 loài thực vật bậc cao có mạch và nấm lớn có công dụng làm thuốc, thuộc 289 chi và 127 họ (tất cả đều là những cây thuốc mọc tự nhiên). Trong đó, nhóm nấm làm thuốc có 3 loài; ngành Cỏ tháp bút có 1 loài; ngành Thông đất có 2 loài; ngành Dương xỉ có 15 loài; ngành Thông có 6 loài và ngành Mộc lan có 347 loài.
Trong số 127 họ thực vật và nấm làm thuốc ở Pù Huống, một số họ có nhiều loài cây thuốc như: Thầu dầu / Euphorbiaceae (30 loài); Cúc / Asteraceae (23 loài); Đậu / Fabaceae (20 loài); Cà phê / Rubiaceae (16 loài); Dâu tằm / Moraceae và Cỏ roi ngựa / Verbenaceae (11 loài); Cam / Rutaceae (10 loài); Đơn nem / Myrsinaceae (8 loài)…
Còn lại 109 họ chỉ mới phát hiện được từ 1 đến 4 loài có công dụng làm thuốc.
Lưu ý rằng, một số họ mặc dù chỉ ghi nhận được số loài làm thuốc ít, nhưng lại là những cây thuốc thuộc diện cần bảo tồn hay có giá trị sử dụng và kinh tế cao. Ví dụ:
- Họ Gừng (Zingiberaceae) có 5 loài, trong đó có 2 loài Sa nhân (Amomum thyrsoideum và A. villosum) và loài Nga truật (Curcuma zedoaria) là những cây thuốc thường xuyên được khai thác và xuất khẩu.
- Họ Tiết dê (Menispermaceae) có 4 loài, đáng chú ý có Hoàng đằng (Fibraurea recisa ) và Bình vôi núi đá (Stephania sinica).
- Họ Lan (Orchidaceae) có 5 loài, trong đó có loài Hoàng thảo (Denrobium nobile).
- Họ Đơn nem (Myrsinaceae) có loài Lá khôi (Ardisia sylvestris) và Thiên lý hương (Embelia pulchella).
- Có loài Sa mộc dầu (Cunninghamia konishii); Sâm cau (Curculigo orchioides); Trầm hương (Aquilaria crassna); Pơ mu (Fokienia hodginsii)... đều là những cây thuốc quý hiếm có trong Sách Đỏ Việt Nam, Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam và có giá trị kinh tế cao.
Đối chiếu với các tài liệu về cây thuốc hiện có ở Việt Nam cho thấy, từ nguồn cây thuốc ở Khu bảo tồn thiên nhiên Pù Huống có khả năng cung cấp nhiều loại dược liệu làm thuốc trong y học cổ truyền. Các loại thuốc được dùng chủ yếu để chữa trị các loại bệnh thường mắc phải như cảm sốt, nhức đầu, phụ nữ sau khi sinh, bệnh ngoài da, bong gân, sai khớp, gãy xương, sưng tấy, bệnh đường tiêu hoá … cho đến một số loại bệnh nan giải khác như bệnh về xương khớp, bệnh về gan thận, sốt rét ác tính, rắn cắn hoặc an thần.
Bên cạnh đó, thông qua việc điều tra cây thuốc và bài thuốc kinh nghiệm bước đầu còn cho thấy cộng đồng nhân dân sống xung quanh Khu Bảo tồn cũng có nhiều kinh nghiệm sử dụng cây thuốc khá độc đáo.
Với 374 loài cây thuốc đã biết, Khu bảo tồn thiên nhiên Pù Huống đang quản lý và bảo tồn lâu dài một nguồn gen cây thuốc khá phong phú. Nếu được điều tra kỹ hơn, dự đoán số loài có công dụng làm thuốc ở đây có thể tới gần 500 loài (chỉ tính riêng những cây thuốc mọc tự nhiên).
Đối chiếu với các tài liệu về bảo tồn như Sách Đỏ Việt Nam, Tập II – Phần thực vật (2007); Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam (2007); Nghị định số 32/2006/NĐ-CP (2006 ) cho thấy ở Khu bảo tồn thiên nhiên Pù Huống có 16 loài cây thuốc quý hiếm, bị đe dọa tuyệt chủng ở Việt Nam, thuộc 16 chi, 12 họ của 3 ngành thực vật bậc cao. Cụ thể: Ngành Thông (Pinophyta) có 5 loài thuộc 5 chi, 3 họ; Ngành Mộc lan (Magnoliophyta) có 11 loài thuộc 11 chi, 9 họ.
Trong đó: 11 loài có tên trong Sách Đỏ Việt Nam (2007) và 11 loài có tên trong Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam (2007) và 4 loài có tên trong Nghị định số 32/2006/NĐ-CP.
Đáng lưu ý rằng, có 3 loài Sâm cau, Trầm hương, Pơ Mu và Sa mộc dầu ở Việt Nam được xếp ở cấp Cực kỳ bị nguy cấp - Endangered (EN) theo khung phân hạng của IUCN (1994)
Riêng về cây Sa mộc dầu (Cunninghamia konishii), họ Cupressaceae – là một cây gỗ lớn, ở Việt Nam chỉ thấy phân bố ở Khu BTTN Pù Hoạt (Thanh Hoá), VQG Pù Mát và Khu BTTN Pù Huống (Nghệ An). Loài này bị đe doạ tuyệt chủng cao bởi kích thước quần thể đã bị suy giảm mạnh. Trong khi đó, khả năng tái sinh tự nhiên của cây lại rất hạn chế. Tinh dầu từ gỗ thân và gốc được coi là một vị thuốc quý.
Như vậy, có thể khẳng định rằng, Khu bảo tồn thiên nhiên Pù Huống hiện đang chứa đựng một nguồn gen cây thuốc mọc tự nhiên khá phong phú. Trong đó, đáng chú ý có tới 16 loài khác thuộc diện đang bị đe dọa tuyệt chủng ở Việt Nam.
Tại xã Diễn Lãm, Châu Hoàn (Quỳ Châu); Châu Cường (Quỳ Hợp); Bình Chuẩn (Con Cuông): Dân cư ở đây phần lớn thuộc dân tộc Thái và một số hộ người Kinh vào buôn bán hoặc làm nương rẫy. Theo các chủ tịch xã cho biết, hiện nay tại địa phương có một số người hành nghề thầy lang bán chuyên nghiệp và một số người già biết cây thuốc chữa các bệnh thông thường sốt nóng, phụ nữ sau khi sinh, bó gãy xương và chữa vết thương khi bị dao chém hoặc cành cây đâm vào chân. Kết quả điều tra thu thập thông tin tại các địa phương trên, chúng tôi đã thu thập được khoảng 20 bài thuốc thường được sử dụng rộng rãi trong nhân dân như: thuốc chữa rắn cắn; thuốc cho phụ nữ sau sinh; thuốc chữa đau nhức xương; thuốc chữa sốt cho trẻ em; thuốc cảm hàn; thuốc về đại tràng... Trong đó, có nhiều người biết đến bài thuốc dùng cho phụ nữ sau sinh uống để chống hậu sản; các bài thuốc chữa bệnh về xương khớp, đau nhức; giảm sốt cho trẻ em...
Tuy nhiên, hiện nay ở tất cả các xã đều có Trạm Y tế khang trang, có bác sỹ hoặc y sỹ là người Kinh hoặc người dân tộc làm trưởng Trạm. Thuốc chữa bệnh thông thường được Nhà nước cấp phát miễn phí. Hơn nữa, việc sử dụng cây thuốc trong việc bảo vệ và chăm sóc sức khỏe cũng có phần phức tạp hơn trong cách dùng. Vì vậy, việc sử dụng thuốc từ cây cỏ trong cộng đồng có xu hướng giảm rõ rệt, số người biết sử dụng cây thuốc cũng ngày càng ít.
Những năm trước đây (năm 2002 về trước) việc khai thác thu mua một số loài cây dược liệu được các tư thương từ ngoài vào đặt nhân dân vào rừng thu hái ồ át: Một số loài như Sa nhân: khoảng 2 – 4 tấn / năm; Thiên niên kiện: 10 – 15 tấn / năm; Ngũ gia bì chân chim: tổng số khoảng 20 tấn; Hà thủ ô trắng: không rõ; Thảo quyết minh: 1 tấn / năm; Chay: 20-30 tấn / năm; Lá khôi: 1-2 tấn / năm; Bách bộ: 50 tấn / năm; Hoàng đằng: 40 tấn / năm; Cẩu tích: không rõ; Sắn dây rừng: không rõ; Thổ phục linh: không rõ.
Được biết vào năm 2000-2001, một số tư thương ở địa phương khác đến đặt hàng cho người dân ở các xã Diễn Lãm, Châu Hoàn, Châu Cường, Cắm Muộn, Bình Chuẩn vào rừng tìm kiếm cây Lan gấm (Lan kim tuyến) để bán với giá 60.000 – 80.000đồng / kg tươi.
Do bị khai thác bừa bãi, một số loài cây thuốc như Bách bộ, Bình vôi, Cẩu tích, Hoàng đằng, Huyết giác, Kê huyết đằng, Thiên niên kiện, Thổ phục linh... hiện đã trở nên khan hiếm rõ rễ tại Khu BTTN Pù Huống.
Mặc dù vậy, với nỗ lực quản lý của Khu BTTN Pù Huống, công tác bảo vệ rừng được tăng cường nên việc khai thác cây thuốc mọc tự nhiên một cách tự do đã được kiểm soát chặt chẽ hơn.